Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Circulación de virus Chikungunya en el estado Aragua (Venezuela) durante el año 2014 / Circulation of Chikungunya virus in Aragua state (Venezuela) during the year 2014

El virus chikungunya (CHIKV) es un Alfavirus causante de la fiebre chikungunya (CHIKF). En Venezuela, una región desprovista de inmunidad contra CHIKV y con presencia de Aedes aegypti y Aedes albopictus, el primer caso importado fue reportado por las autoridades sanitarias en junio de 2014. Por la relevancia del hecho, se analizaron 94 muestras de pacientes febriles que acudieron a los centros de salud públicos y privados del estado Aragua entre enero y diciembre de 2014, mediante la detección de los fragmentos de los genes nsP4 (Alfavirus) y E1 (CHIKV) utilizando técnicas moleculares, como Transcripción Reversa acoplada a Reacción en Cadena de la Polimerasa (RT-PCR) y/o secuenciación nucleotídica. Los resultados indicaron positividad en 19,2 % de las muestras analizadas. Se vieron afectados pacientes con edades entre 6 y 66 años, con predominio del sexo femenino (12/18). Clínicamente, todos los pacientes positivos a CHIKV manifestaron signos y síntomas asociados a CHIKF, tales como fiebre (18/18), artralgia (18/18) y erupción (16/18), entre otros. A pesar de que la positividad puede considerarse baja con relación a lo reportado en otras comunidades, este estudio representa el primer reporte local de detección molecular de CHIKV en Venezuela (estado Aragua) durante el año 2014.

Chikungunya virus is an Alphavirus that causes chikungunya Fever (CHIKF). In Venezuela, a region devoid of immunity against CHIKV and presence of Aedes aegypti and Aedes albopictus. The first imported case was reported by health authorities in June 2014. The relevance of the fact, 94 samples of febrile patients who came to the centers of public and private health Aragua state between january and december for detection of the nsP4 (Alphavirus) and E1 (CHIKV) fragments were analyzed by molecular techniques (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction and/or nucleotide sequencing). The results showed 19.2 % of positivity by CHIKV. Clinically all CHIKV positive patients showed signs and symptoms related with CHIKF, such as fever (18/18), arthralgia (18/18) and rash (16/18), among others. Were affected patients between the ages of 6 and 66 years with a predominance of the female sex (12/18). Although the positivity may be considered low compared to those reported in other communities, this represents the first local report of molecular detection of CHIKV in Venezuela (Aragua state) during 2014.

Glucosa 6 fosfato deshidrogenasa: características bioquímicas y moleculares. Prevalencia de la deficiencia / Glucose-6-phosphate dehydrogenase: biochemical and molecular characteristics. Prevalence of deficiency

La glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD) es una enzima citoplasmática que se encuentra distribuida en todas las células del organismo y que cataliza el primer paso de la vía de las pentosas en el cual la glucosa 6 fosfato (G6P) es convertida a 6-fosfogluconato(6FG) y el NADP reducido a NADPH, proceso indispensable para proteger a los eritrocitos del daño oxidativo. La deficiencia de la enzima G6PD es la eritroenzimopatía más común, es recesiva y ligada al cromosoma X, con amplia distribución mundial y elevada heterogeneidad genética y bioquímica. Se realizó una revisión sobre aspectos bioquímicos, estructura, genética, bases moleculares, defecto enzimático, prevalencia de la deficiencia en el mundo y en Venezuela, y el papel de la deficiencia de G6PD en el tratamiento de la malaria por el incremento en el riesgo de hemolisis que lleva consigo la tendencia de aumentar la dosis total de Primaquina en sujetos paludismo,particularmente en las regiones donde predomina la infección por Plasmodium vivax.

Selección de variantes de virus dengue sensibles a la heparina en células BHK-21 / Selection of heparin-sensitive dengue virus variants in BHK-21 cells

Estudios previos han demostrado que la adaptación de diversos virus a crecer en líneas celulares de vertebrados, conduce a la selección de variantes virales que unen al heparán sulfato (HS) con alta afinidad. En el presente trabajo se determinó la susceptibilidad de cepas del virus dengue (DENV) a la heparina hipersulfatada un análogo al HS, después de pases seriados en células BHK-21. A aislados de campo de los cuatro serotipos de DENV, se les realizaron ocho pases seriados en células BHK-21. La adaptación de los DENV al cultivo celular seleccionó variantes virales con una aumentada capacidad replicativa en células BHK-21 y una incrementada susceptibilidad a la heparina, en relación a las respectivas cepas no adaptadas, obteniéndose una inhibición de la infectividad más significativa en DENV-2 y DENV-4. Las cepas de DENV adaptadas presentaron cambios en la secuencia de aminoácidos de la proteína de envoltura (E), en particular una substitución K204R para DENV-1, N67K para DENV-2, K308R y V452A para DENV-3 y E327G para DENV-4. Estas sustituciones implicaron ganancia de residuos básicos que incrementaron la carga neta positiva de la proteína. Los resultados sugieren, que la adaptación de cepas de DENV a células BHK-21 selecciona variantes virales sensibles a la heparina y que la efectividad de este compuesto varía dependiendo de la cepa viral. Además sugieren que el HS puede jugar un papel importante en la infectividad de las cepas de DENV adaptadas al cultivo celular, a diferencia de los aislados de DENV no adaptados.

Several studies have shown that adaptation of various viruses to grow in certain cell lines of vertebrates, leads to the selection of virus variants that bind heparan sulfate (HS) with high affinity. In this study we investigated the susceptibility of strains of dengue virus (DENV) to oversulfated heparin an analogue of HS after passages in BHK-21 cells. Field isolates of the four serotypes of DENV with a limited number of passes in mosquito cells C6/36HT were serially passaged eight times in BHK-21 cells. The adaptation of the DENV to the cell culture selected viral variants with an increased replicative capacity in BHK-21 cells and an increased susceptibility to heparin compared with the original not adapted strains, with a more significant inhibition of the infectivity in DENV-2 and DENV-4.The E protein of the adapted strains showed changes in the amino acid sequence, particularly at the position K204R to DENV-1, N67K to DENV-2, K308R and V452A for DENV-3 and E327G to DENV-4. These substitutions implicated a gain of basic residues that increased the net positive charge of the protein. These results suggest that adaptation of DENV strains to BHK-21 cells implies changes in the envelope protein, changes associated to the protein reactivity with heparin, the inhibitory effectiveness of this compound varying depending on the viral strain. In addition, these results suggest that the HS can play an important role in the infectivity of the DENV strains adapted to vertebrate cell culture, but not in the infectivity of non-adapted DENV isolates.

Agentes patógenos responsables de trastornos gastrointestinales en sujetos infectados con VIH / Enteropathogens responsible of gastrointestinal disorders in HIV patients

Los trastornos gastrointestinales o TGI son afecciones debilitantes muy comunes en individuos infectados con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH), que pueden conducir a muerte. Numerosos agentes etiológicos y mecanismos patofisiológicos han sido propuestos causar esta afección. A pesar del uso de terapia antirretroviral, que ha reducido enormemente la prevalencia de TGI en estos pacientes, patógenos entéricos como virus, bacterias, parásitos y hongos logran actuar todavía como agentes oportunistas. Citomegalovirus, adenovirus, calicivirus, astrovirus, rotavirus, enterovirus, picobirnavirus y algunos más recientemente descritos, como bocavirus y Aichi virus han sido detectados en pacientes con VIH. Sin embargo, a excepción del citomegalovirus, hay muy poca certeza acerca del papel que juegan algunos de ellos en estas afecciones. Varias especies de Criptosporidium, microsporidos, Salmonella, micobacterias atípicas y Campylobacter jejuni han sido reconocidos también como una importante causa de TGI en estos pacientes. La progresiva incorporación de técnicas inmunoenzimáticas y moleculares, cada vez más sensibles para la detección de antígenos, anticuerpos y agentes patógenos en heces ha mejorado el diagnóstico de las diarreas y contribuido a esclarecer la importancia etiológica de algunos microorganismos en los pacientes inmunocompetentes. En Venezuela existen algunos datos acerca de la prevalencia de patógenos entéricos en pacientes inmunodeficientes infectados con VIH. La identificación del agente etiológico responsable de TGI podría ser de gran utilidad para el manejo y tratamiento de estos pacientes, para quienes la enteritis viral es una manifestación morbosa que reduce la calidad de vida y ocasiona un elevado gasto en salud pública.

Gastrointestinal disorders or GID are debilitating conditions common in individuals infected by the human immunodeficiency virus (HIV), capable of leading to death. Numerous etiological agents and pathophysiological mechanisms have been involved in this status. Although the use of highly active antiretroviral therapy (HAART) in many countries has greatly reduced the prevalence of gastrointestinal infections, enteric pathogens such as bacteria, parasites, fungi and viruses may still act as opportunist agents in these patients. Cytomegalovirus, adenovirus, calicivirus, astrovirus, rotavirus, enterovirus, picobirnavirus and some more recently described, like bocavirus and Aichi virus, have been detected in HIV patients. However, except for cytomegalovirus, which is an established etiological agent of GID in these patients, the role of the other viruses remains unclear. Several species of Cryptosporidium, microsporidia, Salmonella, atipical mycobacteria and Campylobacter jejuni, have also been recognized as important causes of GID in HIV patients. The progressive incorporation of increasingly sensitive immunological and molecular assays for antigen, antibody and pathogens detection from faeces, has improved the diagnosis of diarrhea and contributed to clarify the etiological significance of some microorganisms in immunocompetent patients. In Venezuela, some information is available about the prevalence of enteric pathogens in immunocompromised patients infected with HIV. The identification of the etiologic agent responsible for this condition may be useful for the management and treatment of these patients, for whom viral enteritis is a disease, which reduces their quality of life and causes a high public health spending.

Estudio de la infección por rotavirus y calicivirus en neonatos de la Maternidad "Concepción Palacios" de Caracas / Study of rotavirus and calicivirus infections in neonates from the Maternity Hospital "Concepción Palacios", Caracas

En un estudio realizado en 1984 en la Maternidad "Concepción Palacios", Pérez-Schael y col. detectaron excreción asintomática de rotavirus en el 56% de los recién nacidos evaluados. El objetivo de este trabajo fue estudiar la infección por rotavirus en neonatos de la Maternidad y comparar datos con aquellos obtenidos anteriormente. Además, se investigó la presencia de calicivirus en dicha población. Entre agosto y diciembre de 2004, se recolectaron 307 muestras de heces provenientes de 215 neonatos sanos. Para la detección de los agentes virales se utilizaron ensayos tipo ELISA comerciales y no comerciales. Estos ensayos identificaron como positivas a rotavirus y calicivirus a un total de 14 y 58 muestras, respectivamente. Sin embargo, al realizar pruebas para corroborar la presencia de rotavirus por microscopia electrónica, EGPA y RT-PCR y para calicivirus por RT-PCR, ninguna de las muestras señaladas como positivas pudo ser confirmada. Estos resultados sugieren la no-circulación tanto de rotavirus como de calicivirus dentro de la Maternidad. Es posible que la interrupción de la transmisión de rotavirus dentro de la Institución pueda deberse a cambios en el manejo del par madre-neonato introducidos en la Maternidad desde 1995, promovidos por la OMS y UNICEF.

In a study carried out in 1984 at the "Concepción Palacios" Maternity Hospital, Perez-Schael et al (J Med Virol 1984, 14:127) detected asymptomatic excretion of rotavirus in 56% of the neonates evaluated. The purpose of this work was to study rotavirus infection in neonates at the Maternity Hospital and compare the new data with those previously obtained. We also studied calicivirus presence in said population. Between August and December 2004, 307 feces samples were collected from 215 healthy neonates. Commercial and non commercial ELISA type assays were used for detection of viral agents. These assays identified a total of 14 and 58 samples as rotavirus and calicivirus positive respectively. Nevertheless, when carrying out tests to corroborate rotavirus presence with electron microscopy, EGPA and RT-PCR, and for calicivirus with RT-PCR, none of the samples previously shown as positive could be confirmed. These results suggest the non-circulation of both rotavirus and calicivirus within the Maternity Hospital. It is possible that the interruption of rotavirus transmission within this Institution could be due to changes in the management of the mother-child unit promoted by WHO and UNICEF, and introduced at the Maternity Hospital since 1995.

Detección molecular de calcivirus entericos de bovino en Venezuela / Molecular identification of bovine enteric calciviruses in Venezuela

Caliciviruses are a well-established cause of respiratory, vesicular and hemorrhagic diseases in animals. In addition, these viruses are an important cause of enteric diseases in humans. Recently, molecular analysis of several bovine enteric calicivirus isolates indicated that they are genetically close to human enteric calicivirus. To investigate if bovine enteric caliciviruses circulate in Venezuela, 129 stool samples collected between 1994 and 2000 were assayed by reverse transcription-polymerase chain reaction amplification. The presence of calicivirus was confirmed in one of the samples analyzed, collected in the Lara State from a healthy calf, 2 months old. Phylogenetic studies based on partial RNA polymerase sequences indicated that the Venezuelan isolate (Bo/NV/Lara/2000/VE) is most closely related to the genogroup III, genus Noroviruses.